Zymo Research lance un pipeline de bio-informatique libre pour la détection de variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées

Le lancement anticipé du pipeline de bio-informatique VirSieve^MC favorisera la collaboration dans la recherche environnementale sur le SRAS-CoV-2

IRVINE, Californie, 11 mai 2021 /CNW/ - Zymo Research a publié le code source du pipeline de bio-informatique VirSieve^MC à l'intention de la communauté de microbiologie environnementale afin de promouvoir la collaboration et le soutien mondiaux aux fins de la détection des variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. VirSieve^MC est un pipeline informatique automatisé qui analyse les lectures de séquençage du SARS-CoV-2 dans les échantillons d'eaux usées afin de mieux en comprendre les variants présents dans les collectivités surveillées. En évaluant l'intervalle de confiance dans les mutations virales observées, le logiciel peut augmenter considérablement la précision de l'analyse de tout changement dans le matériel génétique viral.

Zymo Research a publié le code source du pipeline de bio-informatique libre VirSieveMC à l’intention de la communauté de microbiologie environnementale afin de promouvoir la collaboration et le soutien mondiaux aux fins de la détection des variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées.

Selon les Centers for Disease Control and Prevention, bien que le déploiement de vaccins ait eu une incidence positive considérable sur la lutte contre la pandémie du SRAS-CoV-2 aux États-Unis, de nouvelles souches virales continuent d'émerger. Certaines de ces souches, p. ex., B.1.1.7, sont classées comme des « variants préoccupants » en raison de signes de propagation accrue, de pathogénicité ou de résistance au vaccin. Le séquençage de prochaine génération des eaux usées devient la solution la plus viable pour la surveillance communautaire en temps quasi réel.

Il est difficile de procéder au séquençage viral à partir des eaux usées en raison de la fragmentation et de la dégradation de l'ARN viral, ce qui entraîne souvent des erreurs de séquençage, laissant croire à des mutations qui, ultimement, sont fausses. VirSieve^MC permet d'identifier ces faux variants et de les marquer comme étant peu ou pas fiables, ce qui permet aux chercheurs de filtrer les mutations à l'aide d'un degré de soutien plus élevé. Zymo Research fournit également DNA/RNA Shield^MC, un réactif qui protège l'ARN viral contre une dégradation supplémentaire après l'inactivation de tout virus pour le prélèvement et le transport sécuritaires d'échantillons d'eaux usées à la température ambiante.

« Zymo Research a déjà mis au point des logiciels publics comme le Zymo Research Transmit Program, un client libre qui permet de soumettre les résultats des tests de COVID-19 par l'entremise du système de rapports de santé publique CalREDIE, a déclaré le Dr Michael Weinstein, directeur des systèmes d'information de laboratoire et responsable du projet de pipeline VirSieve^MC à Zymo Research. VirSieve^MC s'inscrit dans le cadre des efforts continus de Zymo Research visant à soutenir au maximum les efforts d'intervention face à la pandémie partout dans le monde. Nous estimons que VirSieve^MC a le potentiel d'être utilisé non seulement pour suivre les souches de variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées, mais aussi d'autres virus, pour les efforts futurs de santé publique. »

« L'obtention de variants précis à partir d'échantillons cliniques ou des eaux usées est essentielle au bon positionnement d'une souche virale dans le contexte de tous les autres variants viraux et à l'appui des efforts de suivi des pathogènes », a déclaré le Dr Christopher Mason, conférencier rémunéré pour Zymo Research, codirecteur du WorldQuant Institute for Quantitative Prediction et professeur de physiologie et de biophysique à Weill Cornell Medicine.

Pour en savoir plus sur le pipeline VirSieve^MC, visitez le site Web de Zymo Research ou communiquez avec elle par courriel à l'adresse [email protected].

À propos de Zymo Research Corp.
Zymo Research est une entreprise privée qui sert la communauté scientifique et de diagnostic avec des outils de biologie moléculaire de pointe depuis 1994. « The Beauty of Science is to Make Things Simple » est leur devise, qui se reflète dans tous leurs produits, de l'épigénétique aux technologies de purification de l'ADN/ARN. Historiquement reconnu comme le leader en épigénétique, Zymo Research ouvre de nouvelles voies avec des solutions novatrices pour le prélèvement d'échantillons, les mesures microbiomiques, les dispositifs de diagnostic et les technologies NGS, qui sont de haute qualité et simples à utiliser. Suivez Zymo Research sur Facebook, LinkedIn, Twitter et Instagram.

Pour en savoir plus sur les produits de Zymo Research concernant la COVID-19, consultez les liens suivants :

• Zymo Research lance un logiciel gratuit pour simplifier les rapports liés aux tests de COVID-19
• Zymo Research a acquis le marquage CE-IVD pour son kit Quick SARS-CoV-2 Multiplex
• Zymo Research obtient une autorisation d'utilisation d'urgence de la part de la FDA pour son kit Quick SARS-CoV-2 rRT-PCR
• Zymo Research reçoit la marque CE IVD pour son kit Quick-DNA/RNA^™ Viral MagBead
• Zymo Research lance son service de séquençage de la COVID-19 pour la détection et la surveillance des nouveaux variants du SRAS-CoV-2
• Zymo Research offre des services communautaires de détection et de suivi des variants du SRAS-CoV-2 grâce à Environ^™, un service d'analyse des eaux usées relativement à la COVID-19
• Zymo Research reçoit l'autorisation 510(k) pour son dispositif de prélèvement et de transport pour la COVID-19

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SOURCE Zymo Research Corp.

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